Code Reference

This section contains the API reference for all ProteoGyver modules.

• app package
  • Subpackages
    • app.components package
      • Subpackages
      • Submodules
      • app.components.EnrichmentAdmin module
      • app.components.MS_run_json_parser module
      • app.components.cleanup_tasks module
      • app.components.db_functions module
      • app.components.figure_functions module
      • app.components.file_upload_api module
      • app.components.infra module
      • app.components.interactomics module
      • app.components.mathparser module
      • app.components.matrix_functions module
      • app.components.ms_microscopy module
      • app.components.parsing module
      • app.components.proteomics module
      • app.components.qc_analysis module
      • app.components.quick_stats module
      • app.components.text_handling module
      • app.components.tooltips module
      • app.components.ui_components module
      • Module contents
    • app.pages package
      • Submodules
      • app.pages.Colocalizer module
      • app.pages.Documentation module
      • app.pages.MS_Inspector module
      • app.pages.QC_and_data_analysis module
      • Module contents
    • app.pipeline_module package
      • Submodules
      • app.pipeline_module.batch_data_store_builder module
      • app.pipeline_module.batch_figure_builder_from_divs module
      • app.pipeline_module.pipeline_batch module
      • app.pipeline_module.pipeline_from_toml module
      • app.pipeline_module.pipeline_input_watcher module
      • Module contents
    • app.resources package
      • Submodules
      • app.resources.get_cpu_count module
      • Module contents
  • Submodules
  • app.app module
    • celery_app
    • app
    • server
    • logger
    • create_navbar()
    • main()
    • toggle_navbar_collapse()
  • app.database_admin module
    • clean_database()
    • create_sqlite_from_schema()
    • get_external_versions()
    • last_update()
    • main()
  • app.database_updater module
    • get_dataframe_differences()
    • handle_merg_chunk()
    • handle_mods()
    • handle_new()
    • merge_multiple_string_dataframes()
    • stream_flattened_rows()
    • update_database()
    • update_external_data()
    • update_knowns()
    • update_log_table()
    • update_table_with_file()
    • update_uniprot()
    • update_version_table()
  • app.element_styles module
  • app.embedded_page_updater module
    • create_page_file()
    • parse_embed_file()
    • update_pages()
  • app.run_as_pipeline module
    • main()
    • run_batch_pipeline()
  • Module contents
• MSParser Package
  • Submodules
  • MSParser.ms_name_identifier module
    • identify()
  • MSParser.MSparser module
    • analyze()
    • calculate_auc()
    • count_intercepts()
    • handle_data()
    • main()
    • parse_d()
    • parse_raw()
    • read_toml()
    • remove_accent_characters()
    • remove_rawfile_ending()
    • replace_special_characters()
  • MSParser.parse_thermo module
    • deduplicate_nested_dicts()
    • get_scantypes()
    • get_traces()
    • parse_file()
    • roundup()
  • MSParser.parse_timstof module
    • get_directory_size()
    • get_traces()
    • parse_file()
  • Module contents